太阳能发电体系与温室相结合时，要求其在发电一起还不能影响温室出产，一起，温室本身用电量有限，存在落差很大的波峰与波谷，这使体系面对新的问题。
1.发电量与植物光照的仇视问题。无论如何合理考虑植物成长的光照需求，发电量最大化与植物成长环境最优化之间都存在仇视。发电量越大、遮光越多，进入室内用于植物成长的光量越少。一起，因为气候与季节改变的原因，在阴天或冬季室内光照本身已缺少时，发电板对采光的影响便越发显着，因而太阳能发电体系并非适用于悉数温室，要害取决于温室所在区域的光资源状况，以及种植作物的环境需求。即便在适宜的区域，也需求进行科学的光环境评价，取得发电量与温室采光量的最佳平衡。
2.电能的储存与运用问题。温室用电极不均衡，且大多数用电设备运行时间时间短，然后带来了电能储存与运用的问题。现在常见的运用方法有蓄电池储存电能与区域内并网两种。蓄电池运用寿命短，四到五年就需更换，形成运用本钱过高，因小失大。而并网方法则又因防逆流的要求，导致温室或整个园区用电量较小时无法选用太阳能供电，仅能选用市政供电。通常状况下，两种方法需求结合运用，并在建造前期针对温室及园区的用电状况，对供电体系进行因地置宜的规划。
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